Fue el tercer hijo del Conde Jean-Marie de Saint-Euxpéry y Marie Boyer de Fonscolombe, matrimonio aristocrático y empobrecido. Quedó huérfano a los cuatro años.
Cursó estudios en los colegios de los jesuitas, de los maristas y en la Universidad de Friburgo. No consiguió entrar en la escuela Central ni en la Naval. Comenzó estudios de arquitectura en 1920 que abandonó cuando entró en las Fuerzas Aéreas Francesas en 1921.
En agosto de ese mismo año es destinado a Marruecos donde tendrá su primer contacto con el desierto. Terminado su servicio militar ejerce diversos trabajos en París: encargado en una fábrica de tejas y ladrillos, vendedor de camiones,.... y renuncia incluso a un matrimonio de conveniencia.
En 1923 tuvo un primer accidente con el resultado de rotura de cráneo. En el año 1926 se hizo piloto comercial y trabajó para una empresa aérea. En 1927 realizó arriesgadas misiones de correo aéreo en África y Sudamérica. En 1934 ingresa en Air France. Como corresponsal de prensa visitó Moscú y España.
Sus dos primeros libros, Correo del Sur (1929) y Vuelo nocturno (1931) se caracterizan por la evocación poética romántica de la disciplina del vuelo. Sus obras posteriores, como Tierra de hombres (1939) y Piloto de guerra (1942), hacen hincapié en la filosofía humanista que marcó su vida. Su popular libro El principito (1943) es una fábula infantil para adultos por su significado alegórico.
Al estallar la II Guerra Mundial se enroló en las unidades de reconocimiento aliadas; en 1943 se incorporó a las tropas de la Francia Libre y el 31 de julio del año siguiente mientras realizaba la misión de fotografiar el territorio del sur de Francia en preparación para el aterrizaje de los aliados; su avión fue abatido por otro alemán y no se volvió a saber de él.
Los restos del avión fueron encontrados en el mar en el mes de abril de 2004 frente a las costas de Marsella. Sus cuadernos de notas reunidos bajo el título de Ciudadela (1948), se publicaron póstumamente.
